Ze varen verder noordwaarts langs de kust. Onderweg leggen ze nog aan in een monding om te genezen van scheurbuik en reparaties aan de schepen uit te voeren. Op 2 maart komen ze bij een echte grote haven aan, Ilha de Mazacambique. In de haven liggen veel handelsschepen. Ze moeten de schepen daar veiligstellen tegen kapers. Na een kort oponthoud varen ze verder richting Mombasa. Ook hier worden ze niet vriendelijk ontvangen, er wordt zelfs een schip met goud en zilver gekaapt. Na een tocht van 4200 kilometer bereikten de Portugezen op 20 mei 1498 de kust van Indië op een afstand van tien kilometer van de havenstad Calicut. Dankzij een loods en de zuidwestmoesson verliep de overtocht voorspoedig. Da Gama eist van de Samorijn (hindoeïstische koning) dat zij de islamitische handelaren de toegang tot de stad moeten weigeren. In ruil hiervoor krijgt de Samorijn dan geschenken van de rijke Portugese koning. De Samorijn gaat hier niet op in.  Op 29 augustus 1498 vertrekt Da Gama met zijn vloot, na een verblijf van 3 maanden, terug naar Portugal. Ze schaffen nog wat specerijen aan om mee naar huis te nemen. Door hevige tegenwind komt de vloot moeilijk van de kust van Indië weg. Na 132 dagen reizen komen ze met drie schepen aan in Malindi, een stad in de Keniaanse provincie van Afrika. Veel bemanningsleden zijn omgekomen door scheurbuik. Da Gama besluit daarom de São Rafael te verbranden en de resterende bemanning te verdelen over de twee schepen.  Ze varen via kaap de goede Hoop naar een eilandengroep aan de westkust van Afrika, Kaapverdië. Door een storm raken de schepen elkaar kwijt. Het eerste schip bereikt Lissabon op 10 juli 1499. Da Gama komt pas aan in september. Slechts 60 van de 170 bemanningsleden overleven de reis. Ook de broer van Da Gama overleeft de reis niet.